Леонардо скончался в Амбуазе 2 мая 1519 года в возрасте 67 лет. Его похоронили в церкви св. Флорентина, находившейся на территории замка.
Леонардо сам пожелал быть похороненным здесь, о чём указал в своем завещании: «Завещатель желает быть погребенным в амбуазской церкви св. Флорентиана, и чтобы тело несли капелланы оной».
Церковь была разрушена после Великой Французской революции, между 1806-1810 годами.
В 1863 году на этой территории были произведены раскопки под руководством Арсена Уссе, инспектором музеев Франции, в ходе которых был найден скелет рядом с надгробным камнем с фрагментами имен мастера и святого покровителя художников — св. Луки.
Собранные находки, в частности, французские и итальянские монеты начала правления Франциска I, позволили Арсену Уссе идентифицировать эти останки, как прах Леонардо да Винчи. В итоге они были перенесены в 1871 г. в часовню св. Губерта.