Мечеть названа в честь шейха Зайда ибн Султана ан-Нахайяна — основателя и первого президента Объединенных Арабских Эмиратов, похороненного рядом.
Мечеть была официально открыта в месяц Рамадан в 2007 году.
Эта мечеть, наряду с мечетью Джумейра в Дубае, стала исключением — в неё пускают всех желающих (а не только мусульман).
Министерство туризма объявило, что экскурсии по мечети проводятся для мусульман и немусульман с середины марта 2008 года.
Вход и экскурсии по Мечети Зайда — бесплатные.